ジェファーソンは1826年7月4日にバージニア州で83歳で死去した。奇しくも前大統領であるジョン・アダムズも同じ日にマサチューセッツ州で死去している（なお、7月4日はアメリカの独立記念日でもある）。<ref>ジョン・アダムスの臨終の言葉は、「トーマス・ジェファーソンはまだ･･･」であった。最後の部分はほとんど声になっていなかったが、「生きているか」と語ろうとしたと言われている。</ref>