ジェファーソンはピーター・ジェファーソン（1708年3月29日 - 1757年8月17日）およびジェーン・ランドルフ（1720年2月20日 - 1776年3月31日）の息子としてヴァージニア州に生まれた。両親は共にヴァージニアに入植して何世代も経た家族の出であった。彼は1760年、17歳の時にウィリアム・アンド・メアリー大学に入学し、大学教育を2年間受けた。

独立宣言の採択後はバージニアに帰り、法制改革（長子相続制等やバージニア信教自由法の成立）に尽力。1769年にはバージニア州アルベマール郡の代議員に選出され、26歳で初めて政治的な地位を得た。1784年から5年間革命勃発直後までフランスに滞在。1785年からは駐仏大使としてフランス革命勃発直前のフランス社会をつぶさに観察し、農民の犠牲の上に成り立っていることを強く感じたという。