1865年4月14日フォード劇場で「」（イギリス貴族遺産相続にアメリカ人の甥がからむ喜劇）という現代劇を妻メアリー・トッド、従者・チャールズ・フォーブスとヘンリー・ラスボーン少佐、少佐のフィアンセのクララを伴って観劇中、北軍のメリーランド州出身の俳優ジョン・ウィルクス・ブースに1.2mの至近距離から拳銃で後頭部左耳後5cmを1発撃たれた。ブースは'（専制者は常にこのように。当時の直訳'はバージニア州のモットー）と叫び（'''' 「南部は復讐される!」と叫んだとする説もある）、ラスボーン少佐がとびかかるもナイフで腕を切られ振り払われ、バルコニーから階下にジャンプし脚を折った。狙撃時刻はPM10時13分またはPM11時17分の2説ある。 ほぼ同じ時刻に、国務長官ウィリアム・スワードやその息子の国務次官補フレデリック・スワードも自邸でルイス・パウエルに襲われ負傷したが、命を取り留めた。 共謀者は、リンカーンとともにワシントンに帰還したグラント将軍の他多数の政府高官を同時に殺害することを計画していた。しかし、グラント将軍夫妻は当日夕方に観劇を中止しており、実行されたのはリンカーンの暗殺だけであった。ブースは、足を引きずりどうにか用意した馬に乗って逃走した。致命傷を負った大統領は通りの向かいの民宿、ピーターセンハウスに運ばれた。しばらくの昏睡の後、1865年4月15日午前7時21分にリンカーンの死亡が宣告された。

ブースは数日間の逃走の後、4月26日ギャレッツ・ファームの小屋の中で共犯デービッド・ヘロルドと隠れているところを発見された。29名の警官隊に包囲されてヘロルドは投降したがブースは拒否し、放火され首の後ろを撃たれ殺された。共犯者は軍法会議によって裁判にかけられ、暗殺の罪でデービッド・ヘロルド、ジョージ・アッツアーロット、ルイス・パウエル（またはルイス・ペイン）、およびメアリー・サラットの四人が絞首刑にされた。メアリー・サラットはアメリカで処刑された最初の女性だった。マイケル・オローリン、サミュエル・アーノルドおよびサミュエル・マッドの三名に終身刑が宣告された。エドマン・スパングラーは6年の懲役が宣告された。一般法廷によってその後裁判にかけられたジョン・サラットは無罪と宣告された。有罪宣告の公平性、特にメアリー・サラットに対する暗殺の共謀への関与の程度に関しては疑問が唱えられている。

リンカーンはケネディ大統領との共通点も注目されている。議員に選ばれた年や暗殺者の生年月日がちょうど100年の差があったり、二人とも金曜日の日に妻の前で暗殺されていたり、他にも、偶然とは思えない一致が多くあるとされるが、こじつけが多い。

共通点についての項目:リンカーン大統領とジョン・F・ケネディ大統領の共通点