奴隷制度に反対していたリンカーンの大統領就任を南部諸州は容認せず、次々と連邦からの離脱を行う。連邦の分裂と分断を防ぐため、リンカーンは強硬な態度に出、これが南北戦争へとつながる。南北戦争は彼のフラストレーションの源であり、任期のほぼすべてを占めた。リンカーンは正規の軍事教育を受けたことがなく、指揮官クラスで戦争に参加した経験もなかった。しかし彼は持ち前の人格と知性を駆使し、偉大な軍事指導者として後に賞賛されることになる。

ジョージ・マクレアン将軍を始めとする総指揮官達が繰り返した一連の失敗によるフラストレーションの後に、リンカーンは、急進的で有能な軍指揮官ユリシーズ・S・グラント将軍を任命する運命的な決定を下した。グラントは軍事知識とリーダーシップを発揮した。

開戦直後、リンカーンは大統領権限で正規兵の増員、志願兵の募集や国債の発行、更に戒厳令の布告などいずれも議会の承認が必要な事例を議会の承認も得ず行うが、これらは明確な憲法違反であった。非常時とはいえ、独裁者のようであるとしてリンカーンは批判の対象になった。