中心市街地は、水戸駅周辺南北に位置する。水戸駅北口駅前およびそこから延びるメインストリートには丸井、京成百貨店、リヴィンのほか、駅ビルEXCELや地下通路、地下駐車場などがある。1993年には泉町のユニー水戸店、2003年2月に同じく泉町のボンベルタ伊勢甚水戸店、2005年10月には南町のダイエー水戸店、2007年5月には同じく南町のサントピアが閉店、2009年半ばでのリヴィンの閉店も発表された。これら大型店の閉店以外にもシャッターの閉まった店舗が見受けられ、一部商店街の衰退が目立っている。

一方で再開発も行われている。水戸駅南口ではシネマコンプレックスやホテル、高層マンションなどが複数建設された。また、駅前には再開発ビル「水戸サウスタワー」がヤマダ電機LABIをキーテナントとして2008年11月28日にオープンした。

北口では、泉町のボンベルタ伊勢甚水戸店跡が周辺建物を含め再開発され、向かいにあった水戸京成百貨店（現・京成百貨店）が2006年3月に移転オープンした。なお、移転で空いた旧水戸京成百貨店ビルを取得したのは伊勢甚本社で、交換したような形となった。そのビルを一部利用し、水戸ショッピングストリート キミットとして2008年1月25日に食料品店など数店がオープンしたが、これは周辺再開発迄の暫定利用である。ユニー水戸店跡は隣接の田原屋水戸店跡と共に、住友不動産によりマンションと商業機能とで構成される複合高層施設が開発される予定であるが、具体的計画がまとまらず、現在敷地の一部が暫定的にコインパーキングとしてオープンしており、それ以外の土地は市がイベント広場として利用する計画がある。旧ダイエー水戸店は、店舗建物をそのまま利用した形でカスミ、しまむらを核としたショッピングセンター「MIMO」（ミーモ）として2007年10月19日からフロア毎順次オープンしている（B1F-4F,6F-7Fがオープン。5Fはオープン未定）。

水戸駅北口から約1.5kmの距離にあり歓楽街を有する大工町では、水戸駅南口に移転した水戸信用金庫本店の跡地を中心に、ホテル・住宅・老人福祉施設などの複合高層施設が計画されているが、大都市などでの大型再開発の影響による工事の一般競争入札の不調、改正建築基準法の施行による設計変更などにより計画が遅れ、完成は2010年10月以降にずれこむ予定。現在、建物の取り壊しのみが行われ更地となっている。