日本においてネコが考古学上の登場は、読売新聞(2007年09月01日)の記事によると、兵庫県姫路市四郷町の見野古墳群(六世紀末から七世紀中ごろ)の横穴式石室から、猫の足跡(肉球)のついた古墳時代の須恵器が出土したとあり、また、文献に登場するのは、『日本霊異記』に、705年（慶雲2年）に豊前国（福岡県東部）の膳臣広国（かしわで-の-おみ-ひろくに）が、死後、ネコに転生し、息子に飼われたとあるのが最初である。

愛玩動物として飼われるようになったのは、『枕草子』や『源氏物語』にも登場する平安時代からとされ、宇多天皇の日記である『寛平御記』（889年〈寛平元年〉）2月6日条には、宇多天皇が父の光孝天皇より譲られた黒猫を飼っていた、という記述がある。愛玩用以外としては、壱岐市にある弥生時代中期のカラカミ遺跡から出土された骨が日本人とネコとの関わりを示す最古の資料である。奈良時代ごろに、経典などをネズミの害から守るために中国から輸入され、鎌倉時代には金沢文庫が、南宋から輸入したネコによって典籍をネズミから守っていたと伝えられている。『日本釋名』では、ネズミを好むの意でネコの名となったとされ、『本草和名』では、古名を「禰古末（ネコマ）」とすることから、「鼠子（ねこ=ネズミ）待ち」の略であるとも推定される。他の説として「ネコ」は「寝子」、すなわち「ね」は「寝る」の意味で、「こ」は「小さいもの、身近なもの」の意味であるという解釈もある。このように、蓄えられた穀物や織物用の蚕を喰うネズミを駆除する益獣として古代から農家に親しまれていたとおぼしく、ヘビ、オオカミ、キツネなどとともに、豊穣や富のシンボルとして扱われていた。

ただし日本に伝来してから長きにわたってネコは貴重な愛玩動物扱いであり、鼠害防止の益獣としての使用は限定された。貴重なネコを失わないために首輪につないで飼っている家庭が多かったため、豊臣秀吉はわざわざネコをつなぐ事を禁止したという逸話がある。ただしその禁令はかなりの効果があり、鼠害が激減したと言われる。

江戸時代には、本物のネコが貴重であるため、ネズミを駆除するための呪具として、猫絵を描いて養蚕農家に売り歩く者もいた。絵に描かれたネコが古寺で大ネズミに襲われた主人の命を救う『猫寺』は、ネコの効用を説く猫絵師などが深く関わって流布した説話であると考えられている。ネコの穀物霊としての特質は時代を追って失われ、わずかに『今昔物語』「加賀国の蛇と蜈蚣（むかで）と争ふ島にいける人 蛇を助けて島に住みし話」における「猫の島」や、ネコが人々を病から救う薬師（くす-し）になったと語る『猫薬師』に、その性格が見えるのみである。

日本の平安時代には位階を授けられたネコもいた。『枕草子』第六段「上にさぶらふ御猫」によると、一条天皇と定子は非常な愛猫家で、愛猫に「命婦のおとど」と名付け位階を与えていた。ある日このネコが翁丸というイヌに追いかけられ天皇の懐に逃げ込み、怒った天皇は翁丸に折檻を加えさせた上で島流しにするが、翁丸はボロボロになった姿で再び朝廷に舞い戻ってきて、人々はそのけなげさに涙し、天皇も深く感動した、という話である。ネコに位階を与えたのは、従五位下以上でなければ昇殿が許されないためであるとされ、「命婦のおとど」の「命婦」には「五位以上の女官」という意味がある。