イエネコは、形態学的分析を主とする伝統的な生物学的知見によって、以前からリビアヤマネコ（Felis silvestris lybica）が原種とされてきた。 また、20世紀後半から発展した分子系統学等による新たな知見も、従来説を裏付ける形となった。 米英独等の国際チームによる2007年6月29日の『サイエンス』誌（電子版）への発表では、世界のイエネコ計979匹をサンプルとしたミトコンドリアDNAの解析結果により、イエネコの祖先は約13万1000年前に中東の砂漠などに生息していたリビアヤマネコであることが判明した<ref></ref>。

愛玩用家畜として同じく一般的なイヌ（Canis lupus familiaris）に比して、ネコは飼育開始の時期が遅いが、これは家畜化の経緯の相違による。イヌは狩猟採集民に必要とされたため、早い時期から人の社会に組み込まれ、狩りの伴侶、外敵への備え、幼子の保護者となった。しかしネコは、農耕の開始に伴い鼠害（ネズミの害）が深刻にならない限り有用性が無く、むしろ狩猟者にとっては競合者ですらあった。その競合的捕食動物が人のパートナーとなり得たのは、穀物という「一定期間の保管を要する食害を受けやすい財産」を人類が保有するようになり、財産の番人としてのネコの役割が登場した事による。また、伝染病を媒介する鼠を駆除する事は、結果的に疫病の予防にもなった。さらに、記録媒体として紙など食害されやすい材料が現れると、これを守る事も期待された。日本へは、仏典の番人役として渡来した。

農耕が開始され集落が出現した時期、中近東周辺で、山野でネズミやノウサギを追っていたネコがネズミが数多く集まる穀物の貯蔵場所に現れ、中には棲みつくものもいたのが始まりと考えられている（リビアヤマネコの生息地と農耕文化圏が重なった地域で、複数回起こっていたと考えられる。時期は特定されていない。「」節も参照）。 穀物には手を出さず、それを食害する害獣のみを捕食する事から、双方の利益が一致。穀物を守るネコは益獣として大切にされるようになり、やがて餌付けから家畜化に繋がった。

初めて人に飼われたネコから現在のイエネコに直接血統が連続しているかは不明確。最古の飼育の例は、キプロス島の約9500年前の遺跡から見出される。 また、今日のイエネコの直接的・系統的起源はで固定化されたものと言われている。