• 東海道本線 1
  • 熱海駅 - 米原駅 341.3km（金山駅 - 名古屋駅間 (3.3km) は中央本線と重複。線路は別）
  • 大垣駅 - 関ヶ原駅 13.8km（通称：新垂井線。下り列車のみ運行。大垣駅 - 南荒尾信号場間 (3.1km) は本線と重複）
  • 大垣駅 - 美濃赤坂駅 5.0km（通称：美濃赤坂線。大垣駅 - 南荒尾信号場間 (3.1km) は本線と重複）
• 御殿場線 2 国府津駅 - 沼津駅 60.2km
• 身延線 3 富士駅 - 甲府駅 88.4km
• 飯田線 4 豊橋駅 - 辰野駅 195.7km
• 武豊線 5 大府駅 - 武豊駅 19.3km（列車運行上は上下逆転。理由は当該路線項目を参照）
• 高山本線 6 岐阜駅 - 猪谷駅 189.2km
• 中央本線 7 塩尻駅 - 名古屋駅 174.8km（列車運行上は上下逆転）
• 太多線 8 多治見駅 - 美濃太田駅 17.8km
• 関西本線 9 名古屋駅 - 亀山駅 59.9km
• 紀勢本線 10 亀山駅 - 新宮駅 180.2km
• 名松線 11 松阪駅 - 伊勢奥津駅 43.5km
• 参宮線 12 多気駅 - 鳥羽駅 29.1km
• 城北線（東海交通事業） 勝川駅 - 枇杷島駅 11.2km（東海交通事業が第二種鉄道事業者。JR東海は列車の運行をしていない）

在来線の電化路線は全て直流電化となっている。

また、同社では「本線」の呼称が省略された形で案内される（例：「東海道線」・「中央線」・「関西線」）。