診療所は、これに病院、病院分院、産院その他病院もしくは助産所に紛らわしい名称をつけることができない（同法第3条第2項）。許可・届出上の名称としては、「～医院」「～クリニック」「～診療所」が多く見られる。歯科診療を行う診療所は、とくに「歯科診療所」という。

診療所は入院施設の有無により有床診療所と無床診療所に区分され、平成18年に厚生労働省が発表した「医療施設動態調査」によれば、その数は前者が13,819施設、後者が84,371施設である。

一般的に、自ら診療所や病院などを開設・経営し、診療に当たっている医師・歯科医師を開業医と呼び、医療機関に勤務する医師・歯科医師を勤務医と呼ぶ。