国鉄分割民営化後は、近郊形車両はそれまで以上に地域ごとの実情が反映されるようになった。

ラッシュ時の混雑緩和が主要命題となった東日本旅客鉄道（JR東日本）の東京圏では、全ての座席が通勤型電車と同様のロングシートとなり、収容力を増大させた車両が増加した。同社においてはこの考え方がさらに進み、1994年に登場したE217系電車では混雑緩和を最優先し、通勤形電車と同様の片側4扉の車体が採用されるとともに、普通車は一部の車両がセミクロスシートである他は全席ロングシートの車両となり、車体の面では通勤形電車とほとんど差がなくなった。さらに、2000年に登場した後継車E231系電車以降は、近郊形電車と通勤形電車を統合した「一般形電車」となり、一部セミクロスシート車を組み込んでいるか全車両ロングシート車であるか、またトイレの有無など、若干の仕様や性能の違い以外は基本的に同一の車両であり、近距離路線と中距離路線の双方に投入されている。

一方、JR東日本以外のJR各社では、大都市圏を中心に、3扉車体で転換クロスシートという国鉄時代には採用されていなかった新しいレイアウトを持つ車両が登場した。その先駆者として1988年に北海道旅客鉄道（JR北海道）において721系電車が製造され、翌1989年には西日本旅客鉄道（JR西日本）の221系電車、JR東海の311系電車、九州旅客鉄道（JR九州）の811系電車が製造された。その後もJR西日本の223系電車、JR九州の813系電車、四国旅客鉄道（JR四国）の6000系電車、JR東海の313系電車など、同様の接客設備を持つ車両が製造されている。また、113系電車などの既存の車両が、これらの車両と同様のレイアウトにリニューアル改造されるケースも発生している。

地方都市圏では、JR東日本の701系電車やE127系電車、JR九州の815系電車やJR東海の313系2000番台電車など、車両を3扉ロングシートで増備したケースが見られる一方、JR九州の817系電車、JR西日本の521系電車のように転換クロスシート車が導入されたケースも見られる。JR四国においては、クロスシートとロングシートの配置を工夫し、適度な収容力を確保した7000系電車を1990年に登場させている。これらの車両は1両または2両で運転可能なワンマン運転対応車両となっているものがほとんどである。

<gallery> 画像:E231系3000番台 車内.jpg|E231系近郊タイプ車内
（4扉セミクロスシート） 画像:JR223kei2000bandaisyanai3.jpg|223系2000番台車内
（3扉転換クロスシート） 画像:JRC313-2000 Seat.JPG|313系2000番台車内
（3扉ロングシート） 画像:JRS EC 7000-7018 interior.jpg|JR四国7000系車内
（3扉、クロスシート・ロングシート） </gallery>