1940年10月9日（18時30分）、第二次世界大戦のナチス・ドイツによる空襲下に置かれたリバプールで誕生。出生時、父・アルフレッドは商船隊員として航海中で不在、母・ジュリアも他の男性と同棲していたため、ジュリアの姉であるミミ夫婦のもとで育てられることとなる。

1946年、アルフレッドが帰国し、アルフレッドに引き取られ数週間一緒に暮らすものの、ジュリアがジョンを連れ戻す。しかし母親と暮らすことはできず、ふたたびミミ夫婦のもとに預けられ、父親もまた行方がわからなくなってしまう。

1952年9月にグラマー・スクールのクオリー・バンク校に入学したジョンは、ケンカばかりの不良と評判になっていた。1956年のある日、エルヴィス・プレスリーの「ハートブレイク・ホテル」を聴き、ロックンロールの洗礼を受ける。この頃ジュリアが近くに住んでいることを知ったジョンは、ジュリアの家を行き来するようになる。ジュリアはジョンにバンジョーの演奏法を手ほどきし音楽への関心を向けさせることとなった。

1957年、処女作・「ハロー・リトル・ガール」を作曲<ref>この曲は1962年にデッカのオーディションの際に歌われ、『ザ・ビートルズ・アンソロジー1』で公式に発表されることとなる</ref>。

クオリー・バンク時代の1957年3月、ビートルズの前身になるスキッフルバンド「クオリーメン」を結成、7月6日、ウールトンのセント・ピーターズ教会で行なったクオリーメンのコンサートで、共通の友人の紹介によりポール・マッカートニーと初めて出会う。数日後、ポールはクオリーメンのメンバーになった。

エルヴィス・プレスリー、チャック・ベリー、バディ・ホリーなどのアメリカのロックンロールに夢中になり、勉学はおろそかになっていき、通信簿に載せられた成績は最低レベルだった。ジョンはクオリー・バンクを卒業後、同校校長の取り計らいでリヴァプール・カレッジ・オブ・アートに入学する。そこで最初の妻となるシンシア・パウエルと出会う。

1958年2月、ポールの紹介でジョージ・ハリスンのクオリーメンへの加入を認める。

1958年7月15日、母・ジュリアは非番の警察官が飲酒運転する車にはねられ死去。（2007年に発売された、シンシアの回顧本「ジョン・レノンに恋して」によると、ジュリアに気づいた警官が、慌てて、ブレーキとアクセルを踏み違えたことで起こった事故であることと、警官に無罪の判決が下ったことが書かれている）。このジュリアの死は、ジョンのその後の人生に大きな影響を与え、また1956年（14歳の時）に母親を乳癌で亡くしていたポールとの友情を固める要因にもなった。ジョンの辛辣な性格や年上の女性への憧れは、このような孤独な幼年期、少年期を過ごしたからだと言われている。

1959年1月、バンドのメンバーはジョン、ポール、ジョージ3人だけになる。

1960年1月にリヴァプール・カレッジ・オブ・アートでの友人のスチュアート・サトクリフがメンバーに加わり、バンド名も「クオリーメン」から「ジョニー&ザ・ムーン・ドッグス」そして「ザ・シルバー・ビートルズ」と変わっていた。同年8月「ザ・ビートルズ」になりピート・ベストが加入した。サトクリフは画家になるため、1961年に脱退。

1962年6月にパーロフォンとレコーディング契約を結ぶ。8月ピート・ベストが解雇され、リンゴ・スターが加入。

1962年10月5日「ザ・ビートルズ」としてデビューを果たす。