貨物駅は貨物列車に貨物を積み降ろすることを目的とした駅である。貨物は列車の走行の際に支障が出ないよう、大きさが統一されたコンテナを用いる。標準軌以上の軸幅を持つ軌道を走る貨物列車は国際規格のコンテナが用いられることが多く、国際的に見ても大部分がこれに相当するが、狭軌の軌道や、カーブ区間の多い軌道では独自の大きさのコンテナが用いられることもある。

コンテナは直方体のものが一般的であるが、液体の化石燃料や化学薬品などを輸送する場合はタンクを有するコンテナとなり、丸みを帯びた形となっている。

工場や燃料基地が駅となっておりへ引き込み線を通じて直接乗り入れる列車は、コンテナと貨車が一体となったものが用いられる場合がある。その場合は貨物のみを駅で積み降ろしするが、そうでない場合は、フォークリフトやクレーンを用いてコンテナを列車に直接載せることが多く、その為の設備を駅は有する。

鉄道駅は線路の場所によって、地上駅、高架駅、地下駅と言った区別もできるが、貨物駅の場合は名古屋貨物ターミナル駅（高架駅）などのごく少数を除き、ほぼ例外なく地上駅である。

また、船舶との連絡に重点を置いた貨物駅では、埠頭へ直接乗り入れることもある。

なお滋賀県と奈良県は鉄道が通っていながらオフレールステーションを含む貨物駅を一ヶ所も持たない。この為両県への荷物は近県の貨物駅（百済貨物駅・梅小路駅など）から運ばれている。