日本は、2004年から2006年にかけて、安全保障理事会の常任理事国となることを目指して国際社会に強く働きかけたが、今後も実現の見込みは極めて難しい。

日本はかねてから常任理事国となることを望んでいた。その理由として、国際社会での発言力の強化がよく言われる。大国の一つである日本は、世界の安全保障に無関心・無責任ではいられない。それに、多くの国と経済関係を持ち、食料や原料などを輸入に頼り、工業製品などを輸出する大貿易国である日本にとって、世界の平和と安定は国民の生活や経済に直結する重要事である。また、非常任理事国は投票で決めるため、選挙の度に運動費や支持の見返りの援助などで多額の資金が必要となり、財政的に大きな負担となっている現実もある。

日本は2008年度で国連分担金の16.624%を負担しており、米国に次ぐ2位である。2000年度には20.573%に達していた。日本側は過大な負担と見ており、2001年度からは19.468%、2007年度から現行の割合になったが、それでも米国に次ぐ負担であることに変わりはない。日本は常任理事国入りが実現しなかったことを理由に2005年10月17日、小沢俊朗国連三席大使が国連総会第5委員会（行政・予算）「安全保障理事会の5常任理事国の4か国（英仏中露）を足しても、その地位を拒否された一加盟国より財政負担が少ない。こうした現状を続けることが許されるのか」と批判するなど不満を表明し、中国、ロシアなどの負担増を求めた。中国、ロシアや発展途上国などは反発したが、結局算定方法は変わらなかった。しかし、日本の経済力が落ちたためもあり、2007年度から大きく負担割合が下がった<ref>外交政策Ｑ＆Ａ　国連分担金</ref>。

日本にも国連分担金の滞納は見られ、3～8ヶ月遅れての完納になっている。これは財政難からではなく、為替を見て支払い時期調整を行っているためと言われる。2003年度は1年2ヶ月後の翌年3月であった<ref>河辺一郎　「日本が滞納する理由」、『軍縮問題資料』2004年12月号</ref>（ちなみに各国分担金のうち、米国は約30%、中国は約65%、韓国は約85%を滞納し続けている。各国とも支払い自体を拒否しているわけではないが、完納の目処は立っていない。）。

日本の課題として、憲法9条によって国外での武力行使ができないため、現在の常任理事国5国に比べ、国際紛争などへの影響力や強制力、介入の経験などが弱いという見方がある。また、戦後の日本の外交をアメリカへの追従と見なしている国もあり、「独自の態度を示せない日本が常任理事国になったところで、アメリカが常に2票持つ事になるだけ」と批判する声もある。

その一方、日本も平和維持活動に限定的にであるが参加しており、資金面での援助もしている。また、経済大国でありながら、核兵器の不保持を国是とし、他の大国の多くと違って武力を用いない独自の姿勢が、日本への信頼に繋がっているとする意見もある。特に、紛争後に文民を派遣して当事国の政治・経済の安定を図り、経済援助や技術協力などによってインフラの整備をするといった武力を伴わない独自の復興支援は、他の国にはできないこととして高く評価されている。

2004～6年の常任理事国加入運動では、日本と同様に常任理事国入りを強く望んできたドイツや、近年急速に経済力をつけてきたブラジル・インドと協力関係を築き、4国同時の加入を主張して各国へ働きかけた。しかし、これらの国の加入により自国の主張・利益を侵されることを恐れる国々は、加入阻止のロビー活動を始めた。日本には大韓民国が、ドイツにはイタリアが、ブラジルにはアルゼンチンが、インドにはパキスタンが、それぞれ強力な反対運動を展開した。アメリカは、当初どの国の加入も認めないと主張していたが、後に日本のみ加入を認めると公言した（4ヵ国の結束を崩すため、あるいはイラク戦争協力への見返りとする意見もある）。フランスはドイツの加入を応援していたが、結論が出る間際になって日本の加入も認めた（この頃はすでに4ヵ国の加入の見込みがなくなっていたため、恩を売りにきたとの見方もある）。

しかし、現在は、国際連合改革の遅れによって4ヵ国の加入問題は棚上げとなっている。

2004年、コフィー・アナンが国際連合の事務総長として初めて日本を訪れた。アナンは国会で演説を行ない、日本の自衛隊イラク派遣や支援策を高く評価するとともに、北朝鮮による日本人拉致問題にも言及した。これは、イラク問題において国際連合を軽視して独走するアメリカへの牽制とみられている。

なお、2002年9月に東ティモールとスイスが加盟したことにより、日本国政府が承認している国の中で未加盟なのはバチカン市国のみになった（バチカン市国は国際連合にオブザーバーを派遣している）が、2008年3月に日本政府がコソボを国家承認したのに伴いコソボ共和国もこれに該当することとなった。