「十三」という地名の由来は諸説あり、主に以下のようなものがある<ref>『東淀川区史』（東淀川区と淀川区が分区する前の版）、『淀川絵巻』、『角川日本地名大辞典 27 大阪府』</ref>。

• 京から数えて13番目の渡しがあったため
• 条里制によるもの（西成郡の飛田を1条とする）
• 阪急創業者の小林一三の名前の一部から