日本国憲法及びその他の法令が規定する内閣総理大臣の権限は次のとおり。

• 他の国務大臣を任命し、任意に罷免すること（憲法68条）。
• 在任中の国務大臣に対する訴追に同意すること（憲法75条）。
• 内閣を代表して議案を国会に提出すること（憲法72条）。
• 内閣を代表して一般国務及び外交関係について、国会に報告すること（憲法72条）。
• 内閣を代表して行政各部を指揮監督すること（憲法72条）。
• 法律及び政令への連署をすること（憲法74条、権限であると同時に義務でもある）。

• 2項）。
• 内閣総理大臣及び主任の国務大臣の代理を指定すること（）。
• 行政各部の処分又は命令を中止せしめ、内閣の処置を待つことができる（、「中止権」）。
• 緊急事態の布告を発すること（警察法71条）。
• 布告時における警察の統制（警察法72条）。
• 自衛隊の最高指揮監督権を有する（自衛隊法7条）。
• 武力攻撃事態又はその発生が切迫していると認められるに至った事態に際して、自衛隊の全部又は一部に出動を命ずる（自衛隊法76条、「防衛出動」）。
• 間接侵略又はその他の緊急事態に際して、一般の警察力をもっては治安を維持することができないと認められる場合には、自衛隊の全部又は一部に出動を命ずる（自衛隊法78条、「命令による治安出動」）。
• 防衛出動又は治安出動による自衛隊の全部又は一部に対する出動命令があった場合において、特別の必要があると認めるときは、海上保安庁の全部又は一部をその統制下に入れること（自衛隊法80条）。
• 武力攻撃事態等に至り、対処基本方針が定められたときは、内閣に設置される「武力攻撃事態対策本部」の対策本部長（内閣総理大臣をもって充てる場合）として、所要の権限を行う（武力攻撃事態平和確保法14条）。
• 上記14条の総合調整に基づく所要の対処措置が実施されない場合、内閣総理大臣として地方公共団体の長等に対し、対処措置を実施すべきことを指示すること（武力攻撃事態平和確保法15条）。
• 気象庁長官から地震予知情報の報告を受けた場合において、地震防災応急対策を実施する緊急の必要があると認めるときは、閣議にかけて、地震災害に関する警戒宣言を発する（大規模地震対策特別措置法9条）。
• ）。

また、行政府である内閣府の長としての、各種許認可権を持っている。特に、内閣府の外局の一つである金融庁に関連する許認可権が多い（銀行法や貸金業法、金融商品取引法などが挙げられるが、具体的な法律名は多岐に渡るため割愛）。また1991年までは、機関委任事務に従わない都道府県知事への罷免権も認められていた。