• 内閣府の長は、内閣総理大臣とする（内閣府設置法6条）。

内閣総理大臣は内閣府の主任の大臣であるが、自らを助けるものとして内閣府に特命担当大臣を置くことができる。内閣総理大臣は、また内閣官房と内閣法制局の主任の大臣でもあるが、こちらは内閣官房長官と内閣法制局長官が事務を統括している。