全長をF/A-18の17.07ｍから18.38ｍへと延長しレドームも大型化している。主翼・尾翼・ストレーキ等といった翼の面積も拡大し、例えば主翼面積はF/A-18の37.2m²から46.45m²となっている。翼面積だけでなく操舵翼の面積も大きく拡大している。

エアブレーキは後部胴体背面から左右のフェンス上に移設。主翼下ハードポイントが１箇所ずつ増加（ただし主翼下パイロンは取り付け角が進行方向から外側に１°斜めになっている）している。

これらの改修によりアビオニクス改修用スペースの増加、機内燃料容量の増加 (C型の6061Lに対しE型は8063L) による航続距離の延長、運動性の向上等を実現している一方で、機体の大型化等による空気抵抗増加やインテイクの変更等の影響により速度性能は在来型と比べ低下しているともされる（特に加速が）。

しかし機体の大型化の一方で機体の総部品数はA～D型より減少している。