F/A-18E/FはF/A-18C/Dを改良・大型化したものであるが、多岐に渡る改修の結果、C/D型とE/F型の共通部品は僅か1割程度となっており、実際には別物と言っても過言ではない程の再設計がなされている。E型は単座型、F型は複座型にそれぞれ割り振られている。

なお、原型である在来型F/A-18からの主要な改修点は以下の通りとされる。