アメリカ海軍は1963年から運用を続けていたA-6艦上攻撃機の退役における後継機選定のための ATA (Advanced Technology Attacker＝先進戦術航空機) 計画において、マクドネル・ダグラス社とジェネラル・ダイナミクス社 (いずれも当時) の共同計画案を1987年末にA-12として本格的に開発を開始した。

一方、このA-6後継機が選定されたのと同じ1987年にマクドネル・ダグラス社では海外への輸出を主眼にF/A-18C/D ホーネットを発展させたホーネット2000開発を計画している。これはF/A-18の航続距離や兵器搭載能力の不足に対して胴体や翼面の大型化や高出力エンジンへの換装による対処を図るものであったが、結局この計画は各国からの関心を集めることはなかった。

しかし1991年初頭に国防総省は開発コストの高騰やスケジュールの遅延に機体重量の増大、冷戦終結による国防費削減等を理由からA-12開発計画を中止した。A-12とは別にA-6Eのアップグレード型のA-6Fも開発されていたがこちらも予算等の問題から同様に開発が中止された。

その結果、アメリカ海軍は別のA-6後継機調達を必要としていた。そこで海軍は1992年5月にホーネット2000をベースにしたF/A-18発展型機採用の意向を表明し、結果としてこの機体がF/A-18E/Fとなった。なお、採用意向表明するのに先立ちアメリカ海軍はEMD (技術・製造・開発) 段階移行のためにマクドネル・ダグラス社に対する地上試験用3機並びに飛行試験用の単座型5機及び複座型2機の製造承認とジェネラル・エレクトリック社に対するF/A-18C/D搭載のF404の発展型F414エンジンの開発承認を与えている。

その後、飛行試験用の単座型1号機が1995年に完成し同年11月29日に初飛行した。同様に1996年4月1日には複座型1号機が初飛行した。その後の各種試験を経て、1998年12月18日に量産型のF/A-18E初号機が海軍に納入され2001年にF/A-18E/FがIOC (初度作戦能力) を獲得するに至っている。