『機動戦士ガンダム』の続編作品は全てこの宇宙世紀を舞台としていたが、1994年からは『機動武闘伝Gガンダム』をはじめとした「ガンダム」を冠しながらも続編ではない、原作者富野由悠季以外の手によるストーリーが発表され、宇宙世紀以外の時間軸で活躍するガンダムも出現することとなった。即ち『機動武闘伝Gガンダム』の「未来世紀」、『新機動戦記ガンダムW』の「アフターコロニー」、『機動新世紀ガンダムX』の「アフターウォー」といった紀年法による世界である。

1999年に富野由悠季の手で『∀ガンダム』が発表された。『∀』の世界自体は「正暦」という紀年法だったが、作中明らかにされた過去の歴史「黒歴史」において、宇宙世紀の世界だけでなく、『G』、『W』、『X』の世界も含まれていることになった。これは、全てのガンダムの存在を全肯定した上で、悪しき争いの歴史として全否定するという意味を込めたものであった。

『∀ガンダム』以後にも新たな時間軸「コズミック・イラ」で展開される『機動戦士ガンダムSEED』および『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』が放映された。ガンダムエースで連載された安田朗の漫画『月の風』では、同作品群の世界が黒歴史の一部として描かれた。

なお、2008年現在における最新作『機動戦士ガンダム00』の舞台は西暦2307年～2312年であり、初の「西暦」時間軸における作品となっている。宇宙世紀は西暦の延長線上にあるという設定であるが、劇中で『00』の西暦との関係は言及されておらず、制作サイドからも公式のコメントは無い。