南海和歌山市駅としての1日あたりの平均乗降客数は19,766人(2004年度)。この数字は南海の駅全体では99駅中18位、南海本線の駅（今宮戎・萩ノ茶屋は除外）では40駅中10位である。

1日あたり平均乗降客数の変遷は下記のとおり。<ref>【南海電鉄各線駅別　１日あたりの乗降客数の推移】｜和歌山県統計年鑑 | 和歌山県</ref>

• 1980年度　42,428人
• 1985年度　37,697人
• 1990年度　34,172人
• 1995年度　30,452人
• 2000年度　23,844人
• 2001年度　22,341人
• 2002年度　21,188人
• 2003年度　20,297人
• 2004年度　19,766人
• 2005年度　19,210人
• 2006年度　18,792人

南海本線は乗客減により2001年3月24日のダイヤ改正で毎時なんば行特急1本＋急行3本体制から毎時特急1本＋急行2本体制に、2005年11月27日のダイヤ改正で、毎時特急2本体制に減少した。一方の阪和線は、新大阪駅方面直通の特急が毎時1本＋大阪駅方面直通の快速3本体制。このように和歌山市における阪和間輸送において南海本線と阪和線は利便性で差があり、東和歌山駅が和歌山駅に改称したころから次第に進みつつあった、街の中心駅がJR和歌山駅に移る傾向が顕著にみえるようになった感がある。