1956年にスエズ危機が起こるとエジプト軍に入り、第二次中東戦争に工兵大尉として従軍。戦後はクウェートで技師として働きながらパレスチナ解放運動を続け、後のPLO主流派となるファタハを結成。1963年にシリアに迎えられ、イスラエルに対する武装闘争に入ってファタハをパレスチナ解放運動の主流勢力に成長させた。のちにファタハがパレスチナ解放機構 (PLO) に加入すると、アラファートは1969年にその議長に就任し、パレスチナ解放運動の指導者に立つ。