エルサレムのアラブ系スンナ派ムスリム（イスラム教徒）の名門フサイニー家に属する裕福な織物商家の7人中5番目の子として生まれた。アラファート自身の主張によれば、彼は1929年8月4日、エルサレムに生まれたことになっているが、1929年8月24日にカイロに生まれたという見解もあり、彼の誕生日と誕生地は彼が生粋のパレスチナ人であったかという問題と絡んで議論の的となっている。

少年時代をカイロおよびエルサレムで送った後、カイロ大学で工学を学んだ。学生時代にはパレスチナ学生連合に所属し、1952年から1956年まで議長として活躍した。