事件によりオウム真理教は宗教法人の認可取消処分を受けた。警察の捜査と幹部信者の大量逮捕により離脱者が相次ぎ（地下鉄サリン事件の発生から2年半で信徒数は5分の1以下になった）、オウムは組織として大きな打撃を受け破産したが、現在はアーレフに改組し細々と活動を続けている。また、代表の上祐史浩は、地下鉄サリン事件が起きた際、オウム真理教の事件の関与を否定している。日本の公安審査委員会は破壊活動防止法に基づく解散措置の適用を見送ったが、アメリカ国務省は現在もアーレフをテロリストグループに指定している。

多くの地方自治体が信者の居住を拒否し、商店主達は信者への品物の販売を拒否した所まであった。また、信者への住居の賃貸、土地の販売の拒絶も相次ぎ、幾つかの自治体では信者の退去に公金を費やすこととなった。