軍艦は、停泊中は午前8時から日没までの時間、航海中は常時、艦尾の旗竿に軍艦旗を掲揚する。

海上自衛隊礼式規則（昭和40年5月24日海上自衛隊達第33号）第21条（自衛艦旗を掲揚し又は降下する場合）によると、自衛艦において定時に自衛艦旗を掲揚し又は降下するときは、定時10秒前に喇叭を以て「気を付け」を令して定時に喇叭君が代（帝国海軍および陸軍で使用していたものと同じ喇叭用の曲（喇叭譜）で、一般の楽譜とも陸上自衛隊と航空自衛隊で使用する君が代の喇叭譜とも異なる）1回を奏するものとし、当直士官は、艦橋又は後甲板付近に措いて掲揚（降下）を指揮しつつ、自衛艦旗に対し挙手の敬礼を行う。

艦橋及び露天甲板にある者は、自衛艦旗に対し挙手の敬礼を行い、その他の場所にある者は、姿勢を正す敬礼を行う。海上自衛官は、陸岸において自衛艦旗の掲揚又は降下を目撃するときは、その場に停止し、当該自衛艦旗に対し敬礼を行う。

音楽隊の乗り組んでいる自衛艦が、外国軍艦と同所に在泊し、定時に自衛艦旗を掲揚又は降下するときは、「国歌」を奏した後外国軍艦の首席指揮官の先任順序により逐次当該国の国歌1回を奏する。但し、外国の港湾に在泊するときは、「国歌」に続き当該国の国歌を先に奏するものとする。自衛艦が外国軍艦と同所に在泊し、定時の自衛艦旗の掲揚又は降下に際して外国軍艦において奏する「国歌」を聞き、又は自衛艦において外国の国歌を奏するときは、艦橋及び露天甲板にある者は自衛艦旗又は当該国の軍艦旗に対し挙手の敬礼を行い、その他の場所にある者は起立して姿勢を正す敬礼を行うものと定められている。かかる取扱いは海上自衛隊以外の海軍においても、基本的に同じである。これらの海上自衛隊における自衛艦旗に関する礼式については海上自衛隊の礼式も参照。

また、軍艦以外の船舶は、軍艦とすれ違う際、敬意を表してその掲げている国旗を半下して行なう敬礼（半旗）をするのが通例である。これを受けた軍艦は、軍艦旗を半下して答礼を行ない、また国際信号旗で“御安航を祈る”を掲揚して応える。

国連海洋法条約第20条によれば、潜水船その他の水中航行機器については、沿岸国の領海においては、海面上を航行し、かつ、その旗を掲げなければならないとされており、国旗又は軍艦旗を掲揚すれば、潜水艦も他の軍艦に同じく、沿岸国の領海において、無害通航権を行使できる。