1889年（明治22年）10月7日に海軍旗章条例により帝国海軍の軍艦旗として十六条旭日旗が定められた（大日本帝国海軍の旗章も参照）。ポツダム宣言受諾後の海軍解体で日本の軍艦旗は消滅する。その後、警備隊の創設に伴い、1952年（昭和27年）に「警備隊旗」（白地の中央に赤色の桜花を配し、青色の横じま7本を描いたもの）が制定された。その後、議論を経て、1954年（昭和29年）6月に自衛隊法施行令（昭和29年政令第179号）により帝国海軍と同じ規格の「自衛艦旗」が制定された。自衛艦旗は自衛艦旗授与式により内閣総理大臣から交付され、除籍又は支援船に区分変更される際に返納されることとなっている。

軍艦旗は、このように帝国陸軍の軍旗（連隊旗）と同様に考えられている側面もあるが、軍旗とは異なり国際法上の国籍を表示する機能が重要であることから扱いは異なっていた。帝国陸軍の軍旗は連隊の象徴として編成時に天皇から親授される為、再交付が原則許されず、損傷したり老朽化しても修理をしないことが多く、そもそもその連隊の軍旗が酷く損傷していればいる程、その連隊自体が歩んできた数多の戦いの確固たる伝統の証として、内外共に広く認証及び珍重されていた為、房だけになり旗自体の識別が困難なものも珍しくなかった。対して軍艦旗は消耗品扱いで艦内に常に複数枚備えられ常に鮮明な旗が掲げられ、不備なく国籍確認が行われることを重視されていた。また、軍旗のように戦闘に際してこれを特別に護持するということもなく、砲火を浴びればあっという間に消し飛んでしまう。その為予備の旗が準備され、可及的速やかに取り替えられた。

また、これとは別に艦首旗（首艦旗・国籍旗）として日章旗（国旗に同じ）を艦首に、港に停泊中のみ掲揚する。海自の主要艦船部隊以外の部隊（総監部、航空基地など）は単に「国旗」と称している。

<gallery> 画像:JMSDF Flag.JPG|さわゆき艦尾に掲揚される自衛艦旗 Image:JDS Hatakaze.jpg|はたかぜ艦首に掲揚される国旗。 画像:Kure_6th_SNLF_1942.jpg|陸上でも用いられた。 </gallery>

自衛艦旗の様式

縦横比 :2:3

日章の直径 :縦の2分の1

日章の中心位置 :旗の中心から左辺に6分の1寄ったところ

光線の幅・間隔 :日章の中心から11と4分の1度（11.25度）に開いた広さ

生地 :麻又はナイロン

彩色 :地は白色で、日章及び光線は紅色