警察と消防が決死の救出活動を行っている最中、警察の捜査当局も救出活動と平行しつつ現場検証を行った。警視庁鑑識課が現場へ急行し、撒き散らされた液状サリンのある地下鉄内に入って地下鉄車両1本を丸ごと封鎖し現場検証を開始した。

警察官が発見した事件現場の残留物の一部は、すぐさま警視庁科学捜査研究所へ持ち込まれた。鑑定官が検査するとその毒物が有毒神経ガス「サリン」であると判明。この情報がすぐさま関係各所へ伝達されたので、消防や病院は早期の段階でサリンと判定し対NBC兵器医療を開始した。