被害を受けた3路線は事件発生後に運転を打ち切った。指令は列車を最寄りの駅に停止させた後、乗客を全て駅構内から避難させた。一部列車は前駅に既に列車が止まっていたことから駅間での停車を余儀なくされた。

帝都高速度交通営団は10時までに営団地下鉄の全ての路線で全列車の運転取り止めを決定した。指令は列車を最寄りの駅に停止させた後、乗客を全て駅構内から退避させた。その後、全駅・全列車を総点検し、危険物の有無を確認した。

大混乱に陥った日比谷線は終日運転を取りやめることになり、丸ノ内線・千代田線については被災車両を車庫や引込み線に退去させたのち、霞ヶ関駅を通過扱い（停車はするがドアの開閉はしないでそのまま発車）して運転を再開したが、サリンが散布されたことが判明して自衛隊による除去作業の必要が生じた。そのため正午から約数時間、丸ノ内線は銀座～四谷三丁目間、千代田線は大手町～表参道間を部分運休した（このとき、霞ヶ関駅の引込み線にあった千代田線の被災車両も松戸電車区（現・松戸車両センター）まで回送されている）。部分運休後はほぼ所定どおりのダイヤで運転を再開したが、終電まで霞ケ関駅を通過扱いする措置をとった。

上記3路線以外の路線は確認を終えた路線から順次運転を再開させたが、全駅、全列車に警察官、警備員などが配置される異例の事態となった。