他方で、日本国憲法の中核をなす原理としては、基本的人権尊重主義・国民主権（民主主義）・平和主義を挙げる説が有力である。

一般に憲法は制憲権（憲法制定権力）に由来するものといえるが、日本国憲法については制憲権の上位規範として、個人の尊厳を中核とした原理（基本的人権尊重・国民主権主義・平和主義）の総体（自然法）というべきものが存在する という自然法型制憲権説が多数説である。（制憲権はこの自然法に拘束される）

基本的人権尊重主義や国民主権主義は各国の近代憲法においても重視される。他国の憲法においては平和主義の代わりに権力分立（三権分立）をいれる場合も多い。基本的人権の尊重の背後には自由主義があり、国民主権（主権在民）の背後には民主主義がある。この両主義を融合して、自由民主主義（リベラルデモクラシー）ともいう。もっとも、これは両主義が全く並列にあることを示してはいない。自由民主主義は、自由主義を基礎とし、自由主義を実現する手段として民主主義が採られることを示す。これは、民主主義の名の下に、多数決により、広く自由を蹂躙した苦い歴史を踏まえて打ち立てられた考え方だからである。それゆえ、自由主義、基本的人権の尊重こそが、憲法の最も重要な要素であるともされる。

これらは、根本法理、根本規範などとも呼ばれ、憲法改正手続を経たとしても否定することはできないと考える（限界説）のが多数説である。

ただし、この改正限界説に立っても、例えば基本的人権尊重主義については、基本的人権の尊重という原理が維持されていれば、個々の人権規定を改正することは可能である。例えば、個々の人権の規定を改正しても基本的人権の尊重を否定する内容でなければよい。

このように、自由主義・民主主義、そして平和主義は、基本的人権の尊重・国民主権（主権在民）・平和主義（戦争の放棄）という日本国憲法の三大原理の背後にある考え方として尊重・保障されている。他方、日本国憲法には、自由主義・民主主義・平和主義に一見対立するとも見られる考え方も、その内実として含む。自由主義に対しては「公共の福祉」が、民主主義に対しては間接民主制が、平和主義に対しては自衛権の行使が各々対峙する。しかし、これらは、両者を伴って初めて安定的に機能する仕組みであると言える。