上記の歴史から、東京放送は在京キー局で唯一新聞社との関係が薄く、大口の安定株主が存在せず買収されやすいと言われており、2005年2月のライブドアによるニッポン放送株取得を受け日興プリンシパル・インベストメンツに新株予約権を割り当てるポイズンピルや第三者割当増資を行うなどの防衛策を実施したが、同年10月の楽天による株式の大量取得を防ぐことはできなかった。しかし、2009年4月の認定放送持株会社への移行に伴い、特定株主の出資比率が3分の1に制限され、楽天は経営権の取得が不可能になったことから2009年3月31日、東京放送（当時）に対し、保有全株式の買い取りを請求し、楽天による一連の経営権問題は収束した。

最近の動き

• 2002年よりプロ野球横浜ベイスターズのオーナー企業となったが、後述のように東北楽天ゴールデンイーグルスのオーナー企業である楽天が東京放送株の取得を進めているため、野球協約の規定により球団を手放す可能性があった。当時はUSENなどが球団買収に食指を動かしていた。
• 2005年10月13日、ネット関連事業大手の楽天が系列会社の楽天メディア・インベストメント等を通し、東京放送の全発行済み株式の15.46%を取得した旨株式大量保有報告書を関東財務局に提出するともにその事実を発表した。
• 2005年10月26日、楽天はさらに東京放送の普通株式を買い増し、19.09%の株式を保有している旨を関東財務局に報告・発表した。
• 2005年10月14日、村上世彰が代表を務める村上ファンドが系列会社を通し東京放送の全発行済み株式の7.45%を取得している事が、関東財務局に提出された株式大量保有報告書にて明らかになった。
• 東京放送は安定株主対策として毎日放送や電通に第三者割当増資を行った他、系列局に対しても株式の取得を要請した。
• 2005年11月30日、東京放送と楽天は、
  • 「放送とインターネットの連携」協議・検討する「業務提携委員会」の設置。
  • 楽天は経営統合の提案を一旦取り下げる。
  • 協議期間中、楽天は東京放送株式の保有比率を10%未満まで低下させる。これを超える保有TBS株式についてはみずほ信託銀行に信託する。（信託分の東京放送株式の議決権は同銀行に移行する）
  • 楽天の東京放送に対する最終的な出資比率等については、両者で協議する。
  • 協議期間については2006年3月31日までとし、延長できるものとする。

以上を要旨とした覚書を取り交わし、両社は敵対的状態から和解した。

• 2006年8月24日、東京放送は自社およびJNN/TBS系列各局の財政基盤を強固にする事を目的として「放送持株会社」を新設し自社の放送事業と一部系列地方局をその傘下に置く持株会社制への移行を検討していることが分かった。
• 2006年12月1日、ABCマート会長の三木正浩が経営するイーエム・プランニングが、東京放送株5.05%を取得し、楽天に次ぐ第2位の株主となったことが判明した。
• 2006年12月27日、イーエム・プランニングの持ち株比率が7.76%に増加。（同日、関東財務局に提出された大量保有報告書の報道による）
• 2007年6月18日、イーエム・プランニングが、TBS株の6%強を売却し、株式保有率が3.35%に低下していたことが判明した。
• 2008年11月5日、東京放送が臨時取締役会を開き、認定放送持株会社に移行する事を決議した。具体的には現在東京放送が保有しているテレビ放送免許を、既にテレビ事業の送信以外の現業を担当しているTBSテレビに承継しテレビ放送事業を完全に分社化、東京放送は純粋持ち株会社化し『株式会社東京放送ホールディングス（略称・TBSホールディングス：TBSHD）』に商号変更、TBSテレビの略称を『TBS』に変更する。
• 2008年12月16日、 東京放送が認定放送持株会社制移行を議案とする臨時株主総会を開き、株主の賛成多数により2009年4月1日付での認定放送持株会社への移行、およびTBSテレビへのテレビ放送免許の承継及び事業分割が承認された。　
• 2009年3月12日 - 総務大臣から同年4月1日付で『東京放送ホールディングス』を認定放送持株会社に認定、及びテレビ放送免許のTBSテレビへの承継が許可された。
• 2009年」を行使、東京放送に対して同社が保有する全ての東京放送株の買取を請求した。
• 2009年4月1日 - 株式会社東京放送ホールディングスに商号を変更しテレビ放送事業を分割、放送持株会社体制に移行した。