国立大学の独立行政法人化に伴い、国立の高等専門学校の設置者も同様に、すべての国立の高等専門学校の設置に関しては、国の直接設置から「独立行政法人国立高等専門学校機構」に変更された。これにより、国が直接設置する学校ではなくなったが、国立高等専門学校機構もまた国が設けたものであるため、学校教育法の第2条により国立高等専門学校機構が設置する学校も国立学校とされている。

独立行政法人化したことにより、文部科学大臣が定めた中期目標を達成するための中期計画（5年）、年度計画（1年）の、機構による作成・実行が義務付けられた。達成度によっては国からの予算（運営費交付金）が減らされることもあり得るため、55の各国立高等専門学校は、日々、中期計画に沿うように、学生サービスの向上、事務の効率化など努力している。また、地域の企業と連携して技術研究や商品開発などを行い、収益を上げる事で予算減を穴埋めしようとする学校もある。

主な中期計画は次のとおりである。

また、公立高専においても独立行政法人化が図られつつあり、東京都立産業技術高専は、2008年4月から公立大学法人首都大学東京に運営が移管され、専門職大学院である東京都立産業技術大学院大学も含め、9年間一貫のもの造り教育を視野に入れた一体運営が行われる。