卒業後、進学する者が増えており、学校によっては本科の卒業生に占める就職者が20%を割り込む例も見られる。この現状については、高専の設置目的と照らし合わせて揶揄される場合もある。 しかし、研究機関やメーカーの研究職や開発設計職を目指す場合は、大学院修了が要件とされている場合も多く、その様な職に就きたいと考える学生が、大学に編入学し、大学院を目指すのは必然であるとも言える。

進学を希望する学生は、大学の学部3年次に編入学<ref>注：基本は3年次編入学であるが、専攻分野が異なったり教養学部が独立している場合など、大学のカリキュラム編成によっては2年次編入学になる場合がある。</ref> <ref>注：編入先の専攻分野が異なる場合は、3年次編入ではあっても、専門科目の認定単位が不足し、必然的に留年する場合がある。教員免許の取得を目指す場合も、一般教養科目に加え教職科目を履修する都合により、留年を伴う場合がある。</ref> するか、高専専攻科へ進学する。 さらに、学部や高専専攻科を卒業後、大学院修士課程(または博士前期課程)へ進学する者も多い。

平成17年度（2005年度）の本科卒業者に占める進学者の割合は42.9%であり、進学者のうち大学へ編入学した者は65.2%、専攻科に進んだ者は34.8%となっている<ref>出典:国立高等専門学校機構・今後の高専の在り方検討小委員会「今後の国立高専の整備について（中間まとめ）」H18.6.29</ref>。

理工系の学部を有するほとんどの国公立大学で、定員を設けて高専からの編入学を実施しており、高専卒業生の受け入れを主目的の一つとして創設された国立大学である豊橋技術科学大学や長岡技術科学大学をはじめ、その他の国公立大学工学部に編入学する場合が多い。また近年、少子化などによる学生不足から、理工系に限らず編入学定員を設ける私立大学も増えており、短大卒者と同様に文系の学部へ編入学するケースも見られる。また、医学部への編入学は学士編入学に限られていたが、東海大学医学部では2005年度から一般編入学（2年次）に転換され、高専からの医学部編入学に道が開かれることになった。また薬学部も北海道医療大学（2008年度）などで編入学を実施するなど、工学系の高等専門学校生にも門戸が開かれるようになってきた<ref>北海道医療大学入試情報</ref>。

工学系の学部で高専に同様の専攻が有る場合は、高専卒業見込者を対象に推薦編入学制度を持つ大学も多く（最大のケースで編入学定員の50%）、一説に、通常の高校→大学（一般受験）コースよりも高専→編入学コースの方が国公立大学に入りやすいと言われる所以にもなっている。

推薦編入学の場合は、成績が上位であって（概ね1クラス上位の10-20%）学校長推薦を受けられる事が必要条件で、調査書及び志望論文の選考と面接試験（口頭試問）によって合否判定される。（不合格の場合は筆記による編入学試験も受験可能である。） 学校長推薦を受けるためには、特に3・4学年次の成績が重要である。なお、長岡技術科学大学と豊橋技術科学大学は、書類審査のみで推薦編入学の合否判定を行う<ref>長岡技術科学大学 入試情報（学部3年）</ref><ref>豊橋技術科学大学 募集要項（工学部3年次）</ref>。

また、筆記による編入学試験では、選考日程さえ重ならなければ、同年度中に複数の国公立大学を受験することができる。