• 行政部 - 民事第2部・民事第3部・民事第38部

  行政事件を扱う。

• 商事部 - 民事第8部

  次の事件を扱う。

• 商事訴訟（株主権確認訴訟、株主総会決議取消訴訟、取締役会決議無効確認訴訟、法人の役員に対する責任追及訴訟、株主代表訴訟）
• 保全事件（取締役等職務執行停止・代行者選任仮処分、議決権行使禁止・許容の仮処分、新株・新株予約権発行差止仮処分）
• 会社更生事件
• 非訟事件（特別清算、清算人選任、株式価格決定）

• 保全部 - 民事第9部

  仮差押、仮処分（係争物に関する仮処分、仮の地位を定める仮処分）、人身保護請求、配偶者からの暴力の防止及び被害者の保護に関する法律に基づく保護命令等の民事保全の事件を扱う。

• 労働部 - 民事第11部・民事第19部・民事第36部

  2003年1月から第36部が加わり、3部体制となった。具体的には次の事件を扱う。

• 労働関係民事通常事件（解雇・雇い止め事件、賃金（残業代を含む）・退職金請求事件、損害賠償請求事件（セクハラ・パワーハラスメント、競業避止義務を含む）
• 労働関係行政事件（救済命令取消等事件（不当労働行為に関する労働委員会の命令の取消しを求める事案を含む）、公務員労働事件（国歌斉唱拒否を理由とした東京都教職員の処分をめぐる事件）、労災事件）

• 破産再生部 - 民事第20部

  破産手続・民事再生手続の事件を扱う。

• 執行部 - 民事第21部

  2002年2月1日、目黒区の「東京地方裁判所民事執行センター」へ移転した。民事執行に関する次の事件を扱う。

• 不動産執行（担保権実行事件・強制競売事件）
• 債権執行
• 債権配当事件

• 調停・借地非訟・建築部 - 民事第22部・民事第49部

  2002年4月、調停・借地非訟に加え、建築関係事件を担当する建築事件集中部となる。次の事件を扱う。

• 建築関係事件
• 建築調停事件 - 地裁で調停を行う旨の合意書面に基づき当部に申し立てられた「申立調停事件」と、訴訟提起後に担当裁判部が事件を調停手続に付する旨の決定をしたことにより当部が担当する「付調停事件」
• 借地非訟事件（賃借権譲渡・転貸許可申立事件、競売・公売に伴う賃借権譲受許可申立事件）

• 交通事故・労働災害 - 民事第27部

  交通事故・労働災害を扱う。

• 知的財産部 - 民事第29部・民事第40部・民事第46部・民事第47部

  知的財産に関する事件を扱う。2005年の種別は、特許権・実用新案権35%、不正競争防止事件27%、著作権19%、商標権13%、意匠権5%。

• 医事部 - 民事第14部・民事第30部・民事第34部・民事第35部

  2001年4月設置。医事事件を扱う。

2006年までは、民事第7部が手形部として手形事件を担当。2007年からは手形部門が商事部門へ統合され、民事第7部は通常事件を担当している。