本庁には、民事は第50部、刑事は第21部までの部があり、受理する事件の数・法廷の数は、ともに全国一である。

本庁は、東京高等裁判所・東京簡易裁判所（刑事）も同居する地上19階・地下3階建ての合同庁舎になっており、知的財産高等裁判所や東京第一〜第六検察審査会も入っている。北側に法務省旧本館（中央合同庁舎第6号館赤レンガ棟）が、東側（裏側）に東京地方検察庁交通部・東京区検察庁・公正取引委員会が入っている中央合同庁舎第6号館B棟と、東京家庭裁判所・東京簡易裁判所（民事）が入っている中央合同庁舎第6号館C棟、弁護士会館が、それぞれ隣接している。また、道路を挟んで、西側に国家公安委員会・警察庁・総務省・国土交通省等が入っている中央合同庁舎第2号館・第3号館がある。

本庁の庁舎は、国内の裁判所庁舎で唯一、玄関に金属探知機が設置されている。裁判所職員・検察庁職員・弁護士など以外の一般人は、そこで手荷物検査を受けないと中に入れない。

立川支部には、民事は第4部、刑事は第3部までの部がある。立川簡易裁判所や、東京家庭裁判所立川支部、立川検察審査会も入っている。 また少し南側には、東京地方検察庁立川支部、立川区検察庁、東京保護観察所立川支部等の合同庁舎（立川第二法務総合庁舎）がある。