歴史認識を巡って反日騒動が起こった中国と韓国の態度を批判し、外国が靖国神社参拝について抗議するのは内政干渉だという見解を持っている<ref>『東京新聞』　2005年1月9日付</ref>。官房長官時代の2006年8月4日の記者会見で、同年4月15日朝に、密かに靖国神社を参拝していた（「内閣官房長官 安倍晋三」と記帳し、ポケットマネーで玉ぐし料を収めた）ことについて質問された際には「参拝したかしないかについては申し上げるつもりはない」と述べた<ref></ref>。

首相就任後も参拝を続ける意向を示しており、2007年1月17日の自民党大会で決定された運動方針でも「靖国参拝を受け継ぐ」ことが明記されたが、外交問題や政治問題になるのを避けるため自身の参拝については明言しない考えを改めて示した（靖国神社問題を参照）。2007年の終戦記念日は、参拝しなかった。