日本のこれまでの歴史教育に異議を唱え、「新しい歴史教科書をつくる会」を支援して来た自民党内部の議員連盟「日本の前途と歴史教育を考える若手議員の会」（1997年2月27日結成）の元事務局長。現在中川昭一と共に顧問を務める。同会は特に「侵略戦争」や「慰安婦」問題の教科書記述に批判的であり、証拠もないまま旧日本軍による慰安婦の強制連行を認めた「河野談話」を発表した河野洋平を会に呼んで、談話の撤回を要求したこともある。1997年の国会でも、慰安婦の強制連行の根拠とされて来た吉田清治の証言が虚偽であることが判明したため、「河野談話」および教科書への「慰安婦」の記述を載せることは問題であると指摘している<ref></ref>。自民党幹事長代理時代の2005年3月27日の講演会でも、「従軍慰安婦は作られた話」と語っている<ref>『中央日報』　2005年4月2日付2面。</ref>。総理就任後の2006年10月5日には、これまでの主張を封印し、「河野談話」を「私の内閣で変更するものではない」とし、政府としては引き継いでいくことを明言。2007年3月1日、河野談話に関する記者の質問に「旧日本軍の強制性を裏付ける証言は存在していない」と語った。米下院に提出された慰安婦問題をめぐる対日非難決議案について、同年3月5日の参院予算委員会において「決議案は客観的事実に基づいていない。」「決議があっても謝罪することはない」との見解を述べた。

社民党の辻元清美の慰安婦問題に関する質問主意書<ref></ref>に対して、政府は2007年3月16日の閣議で、「政府が発見した資料の中には、軍や官憲によるいわゆる強制連行を直接示す記述は見当たらなかった」とする答弁書<ref></ref>を出した。

「慰安婦」問題については存在しないとする立場を従来からとってきたことと、自民党有志でつくる「日本の前途と歴史教育を考える議員の会」による河野談話見直し発言<ref></ref>が一部マスコミの反発を招いた。2007年3月4日テレビ朝日の番組に出演した世耕弘成首相補佐官は、「河野談話を継承する」と発言<ref></ref>し鎮静化を図ったが、近隣アジア諸国を中心に非難が巻き起こった<ref></ref>。安倍はその後、慰安婦について日本の責任を認める発言を繰り返し<ref></ref>、2007年4月27日には海外メディアのインタビューに答えて、「極めて痛ましい状況に慰安婦の方々が強制的に置かれたことについて大変申し訳なく思う」（I feel deeply sorry that they were forced to be placed in such extremely painful situations.） 　「私たちは、戦時下の環境において、そうした苦難や苦痛を受けることを強制された方々に責任を感じている」（We feel responsible for having forced these women to go through that hardship and pain as comfort women under　the circumstances at the time.）とお詫びを表明した<ref></ref>。同日の日米首脳会談で、ブッシュ大統領との会談で「人間として、首相として、心から同情している。申し訳ない思いだ」と謝罪<ref></ref>した。