総裁選では施行60周年を迎えた日本国憲法を改正すると宣言し、総理就任後の国会で、「現行の憲法は、日本が占領されている時代に制定され、60年近くを経て現実にそぐわないものとなっているので、21世紀にふさわしい日本の未来の姿あるいは理想を憲法として書き上げていくことが必要と考えている」と述べた<ref name="k20061003">衆議院　本会議　平成18年（2006年）10月3日）「在任中に憲法を改正をしたい」との考えを述べた。（平成18年12月19日）</ref>。また“私は、国会議員になった当初から改憲論者だが、3つの点で憲法を改正すべきだと主張してきた。第一の理由だが、現行憲法は占領軍の手によって、憲法の専門家ではない人たちによって2週間そこそこで書き上げられた、と言われており、やはり国の基本法である限り、制定過程にもこだわらざるを得ない”と述べた<ref>週刊「世界と日本」1718号。講演録はじゅん刊「世界と日本」1070号に掲載</ref>。

改憲のための国民投票法案（日本国憲法の改正手続に関する法律）の整備をおこなうが、選挙に向けて野党の反対を押し切り成立させたためメディアでは法案の不備について批判が出た。