日本政府は1965年の日本国と大韓民国との間の基本関係に関する条約（日韓基本条約）により、大韓民国を「朝鮮半島唯一の国家」としているため、北朝鮮を国家として承認していない。 従って、正式な外交関係（いわゆる国交）はない。かつてはパスポートに ""（「このパスポートは、北朝鮮（朝鮮民主主義人民共和国）を除く全ての国と地域で有効です」の意味）と記載される渡航先適用除外条項があった。1991年からこの条項は削除されたものの、依然として政治的・軍事的な対立から緊張した関係が続いている。

2002年9月に小泉純一郎首相は電撃的に北朝鮮を訪問して、金正日総書記と初の日朝首脳会談を実現し、17日日朝平壌宣言に調印した。この訪問で金正日は北朝鮮による日本人拉致を「一部の英雄主義者が暴走した」として公式に認め、5人の拉致被害者を帰国となった。しかし「8人死亡・1人行方不明」とする北朝鮮側の回答は日本側から見て到底承諾しかねるものに映り、拉致被害者の家族の帰国が拒まれるなど、関係者を中心に不満が噴出し、世論も北朝鮮に対して強く反発を見せ国交正常化交渉は暗礁に乗り上げている。

2005年頃まで貿易関係はそう大きくないものの存在し、日本への船舶の入港は年間千数百隻に上っていた。内訳は、日本からの輸入は輸送機器が中心で、日本への輸出は水産物が中心であった。

しかし、2006年10月9日の北朝鮮の核実験やテポドンなどのミサイル発射事件を受けて、日本政府は「厳重に抗議し、断固として非難する」との声明を発表し、安倍内閣から本格的な拉致被害者の解放を目指し、日本独自の制裁の実施は現在も続いている。制裁の一環として、海外危険情報では、通常の治安・政情の程度によって出される勧告とは別枠で、渡航の自粛を勧告している。これにより北朝鮮船籍の船舶の入港は禁じられ、輸出入も停止されている。

2008年5月31日、北朝鮮軍部が「日本の反動勢力は、日本列島がわが革命的武装力の容赦ない打撃圏（攻撃圏）内にあるということをひとときも忘れてはならない」と警告し敵対姿勢を改めて鮮明にしている<ref>[http://www.sponichi.co.jp/society/flash/KFullFlash20080530058.html(http://www.sponichi.co.jp/society/flash/KFullFlash20080530058.html) 北朝鮮軍異例の警告「日本は攻撃圏内」（社会） ― スポニチ Sponichi Annex ニュース]</ref>。