4世紀、ローマ帝国の使徒教会はイエス・キリストの三位一体性をめぐって分裂していた。 325年に開かれたニケーア公会議では、三位一体性を認めるアタナシウス派が正統と認められ、三位一体性を認めないアリウス派が異端とした、ニカイア信条が採択された。

だが、異端とされてもアリウス派の布教の勢いは収まらず、東ローマ帝国域で三位一体派よりもアリウス派のほうが普及していた。また、帝国各地には三位一体派と一線を画す様々なキリスト教の宗派が生まれていた。 また、皇帝側の動きも定まったものではなく、アリウス派の影響力が強かった主因として挙げられるのが、当地を統治した皇帝にアリウス派の信徒がいたからである。コンスタンティヌス大帝の息子であるコンスタンティウス2世や、テオドシウスの前の東ローマ皇帝ヴァレンスはアリウス派の信者であった。熱狂的なアリウス派の信徒であるヴァレンスがアドリアノープルの戦いで不名誉な死を遂げたとき、三位一体派は歓喜でこれを迎えたほどであった。

テオドシウスは379年の冬に大病を患っていたときに三位一体派のテサロニケ司教アコリウスから洗礼を受けたため、ニカイア信条に忠実であった。380年11月24日、テオドシウスは三位一体派ではなかったコンスタンティノープル司教デモフィリスを追放し、後任に三位一体派のナジアンズスをつけた。

これに先立つ2月には、テオドシウスとグラティアヌスはキリスト教の教理に関することは、ローマとアレクサンドリアの司教の意見を第一にするという勅令を出した。当時のローマとアレクサンドリアの司教は三位一体派であったため、この勅令が三位一体派の保護と異端の排斥が目的であることがよくわかる。事実、アリウス派だけではなく、マケドニア人の小さな教派も弾圧されていた。

2月に出されたこの勅令はミラノ勅令以下コンスタンティヌス大帝の下に定められたキリスト教会の準公的な位置づけを無視する部分もあった。その最たるものは、異教の寺院であっても、公共建築として活用できるのであるならば、保護する事を命じた部分であった。だが、のちに「テオドシウス勅令」と呼ばれることになる一連の勅令では、次第に異教に対する風当たりを強くする内容が多々あった。

379年テオドシウスは、キリスト教以外の宗教の祭日がキリスト教における平日に行なわれていると罵倒し始めた。381年になると、テオドシウスは非キリスト教の神に捧げる犠牲を禁じ、｢誰も、聖域に行くことはなく、寺院を歩いて通り抜け、人の労働で作成された像を見てはならない」と定めた。

当時流行していたミトラ教の集会場として使用されていたカタコンベを破壊、その上に教会を建てようとしていたアレクサンドリア司教テオフィロスの要求に応じたように、テオドシウスは三位一体派の異教や異端に対する攻撃を支持した。これと同様な運命をたどったカタコンベの中には、現在では5世紀のキリスト教カトリックの基礎を形作ったものも多数ある。

このような出来事は、三位一体派の司教とその信者の行為に多大な影響を与えた。

また、381年に出された勅令の最も重要なものに、女祭司制度の廃止がある。公式に廃止を命じたわけではないが、これ以降今まで国庫から賄ってきた女祭司の費用を賄わないというものであった。これとともに、ローマ建国以来フォロ・ロマーノにあり、女祭司が常に絶やさないできた「聖なる火」も消えてしまうことになった。

384年、ローマ元老院議員シンシマクスは、グラティアヌスの統治下で撤去された元老院議事堂前にあった勝利の女神像を戻すように訴えたが、テオドシウスはこれを拒否。逆にテオドシウスは388年には元老院議員に対し古代ローマ宗教の廃絶を求める決議を提起。元老院側はほぼ全会一致で賛成した。これにより、キリスト教（三位一体派）は事実上、ローマ帝国の国教となった。

393年、すでに減少しつつあった古代オリンピックをテオドシウスは廃止。同時に、オリンピックの開催年を1周期にしたオリンピアードも廃止した。

これらのテオドシウス勅令は、テオドシウス本人が考えたものではなく、ミラノ司教で三位一体派であったアンブロジウスの影響が強く現れていた。テオドシウス自身敬虔なキリスト教徒であったかどうかは非常に疑わしく、彼が洗礼した理由も、今まで病気知らずであったのに大病を患ったために気弱になっていた彼が、藁をもすがる気持ちで助けを求めたのではないだろうか。しかし、キリスト教の下では相手がたとえ皇帝であろうとも、司教の命令には信者は従わなくてはならないという規則がある。アンブロジウスはこれをテオドシウスを御するための手段とする。390年テサロニケのキリスト教徒が暴徒化し、行政長官らを多数殺害する事件が発生した。テオドシウスはこれに対し軍を派遣。住民を多数殺害し、暴徒を鎮圧した。アンブロジウスはこれに激怒。報復が過剰であったと抗議し、さらにテオドシウスを公式な謝罪があるまで破門に処すと訴えた。テオドシウスは破門の処分を受けても約8ヶ月間は抵抗したが、ついに屈し一介の司教の足元に許しを請うた。

395年、テオドシウスがミラノで亡くなったとき、アンブロジウスは弔辞で賛辞を述べた。