最初の妻エリアとの間には後の東ローマ帝国の皇帝となるアルカディウス、西ローマ帝国皇帝となるホノリウスの2人の息子と、娘のプルケリアをもうけた。プルケリアとエリアが385年に死去した後、ヴァレンティアヌス一世の娘であるガラを後妻に迎えた。彼女との間には、ウァレンティニアヌス3世の母になる、ガッラ・プラキディアをもうけた。

• アルカディウス
• ホノリウス
• ガッラ・プラキディア - テオドシウスの娘。ウァレンティニアヌス3世の母。
• セレーナ - テオドシウスの姪とともに養女。スティリコの妻。