台湾島と澎湖諸島、金門島などの離島との間は船便によっても結ばれており、航空路線が発達した今日でも利便性がある。台湾島と澎湖諸島を結ぶ船便は高雄港（台華輪）・台南安平港（今日之星）・嘉義布袋港（満天星客輪）から毎日出ている。

尚、台湾島と緑島・蘭嶼を結ぶ船便は台東富岡港から、台湾島と金門島を結ぶ船便（金門快輪というフェリー）は高雄港から、台湾島と馬祖列島を結ぶ船便（台馬輪及び合富輪）は基隆から、それぞれ出航している。

日本からは沖縄・那覇新港から、宮古島、石垣島を経由し、基隆、高雄へ向かう航路が有村産業により運航されていたが、会社破産により運休（実質廃止）となっている。