フランチャイザーにとっては、フランチャイジーの質にばらつきがあることで、計画通りの商品提供がなされず、自己のブランドイメージが傷付けられるといったリスクがある。フランチャイジーは個人がその資金の全てを負担する事業者であるため、経営に問題がある場合でも本部から経営者の交代や強力な改善などができない。

フランチャイジーにとっては、本部によるマーケティング、立地条件、本部の経営に問題があっても、そのリスクは全てフランチャイジー側が負うことになる。契約内容にも拠るが、原則として赤字状態であってもロイヤルティーは払い続けなければいけない。 また、フランチャイズという形態を採る以上、流通や事業展開において少なからず制約があるため、オーナーのオリジナリティを発揮することは難しい。 開業に必要な資金も、加盟料などの分、独自に起業する場合よりも多く必要になる場合がほとんどである。

フランチャイジーはノウハウのほかに店舗の造作を本部の指示のもとに作らなければならないがこれは地元の業者に仕様書通りに行えば問題ない。 しかし、什器備品は本部から購入しなければならないので実勢価格より高価な場合が多い。販売・飲食であれば材料の仕入れもほとんどが本部よりの仕入れとなり割高となる。同じ業種の会社がフランチャイジーとなった場合、例にとるとコーヒーチェーンで提供されるサンドウィッチなど地元業者がベーカリー部門を持っていても自社製品を使うことが出来ない。メニューも地域性にあっていて利益率の高いものであっても提供できない。 フランチャイズは各店の統一性が強みではあるが、賞味期限が迫った商品を勝手にセールすることが出来ず廃棄しなければならない。全く自由の利かないことで悩むことになる。

上記理由により、フランチャイジーの出店したフランチャイズ・チェーンはフランチャイザーによるレギュラー・チェーンよりも圧倒的に低い収益性である。具体的な例としてはダイエーグループ傘下時代のウエンコ・ジャパンがある。この会社は「ウェンディーズ」のフランチャイジーであると同時に、同業である「ドムドム」のフランチャイザーでもあった。フランチャイジー契約には、出店目標が設定されており、これを達成するために「ドムドム」を閉店し、同じ場所に「ウェンディーズ」を開店するといったことも行われたが、フランチャイザーとフランチャイジーの収益性の違いのため、店舗の経営は悪化した（ウェンディーズも参照のこと）。現在、ダイエーグループは「ウェンディーズ」は手放したが、「ドムドム」は保有したままである。