日本におけるエキュメニカル派の動きとしては、聖職者や学者の間での交流と、信徒を中心とした交流が指摘される。元々、戦時中の政府の政策で一本化された日本基督教団であるが、エキュメニカル派の教団として現在も存続している。

1960年代の学生運動のときには、靖国神社参拝をめぐり、プロテスタントとカトリックの大学生を中心とする信徒が合同で活動をおこなった。一方教会間の交流としては『新共同訳聖書』の共同翻訳事業が特筆される。この『新共同訳聖書』においては、プロテスタント諸派の一部が「外典（アポクリファ）」として『聖書』から除外したもの（『集会の書』『マナセの祈り』など）を「旧約聖書続編」としてまとめている。これは日本の聖書翻訳事業においては画期的なことである。

また2006年8月には京都で世界宗教者会議が行われ、他宗教を含めた交流の場がもたれた。