プロテスタント（戦時中はその殆どが日本基督教団に合同）もカトリックと同様の立場を取り神社参拝を行ったが、殆ど全ての教会に求道者を装った特高の密偵が入り厳しい監視下に置かれた。そのため、日本基督教団では会堂に神棚を設置し、礼拝前に宮城遥拝を行うなどして保身を図った。また日本基督教団は政府の政策に協力し、アジアのクリスチャンへの弾圧に加担した。しかし、偶像を否定する者や再臨信仰を持つ教会では牧師連行などの弾圧を受けた<ref>土肥昭夫『日本プロテスタント・キリスト教史』新教出版社、1980年</ref><ref>日本基督教団鎌倉雪ノ下教会編『主に使えて五十年』キリスト新聞社、1973年</ref>。

殊に、四重の福音（新生、聖化、神癒、再臨）という信仰のスローガンで知られるホーリネスの日本基督教団第六部（元日本聖教会）、同第九部（元きよめ教会）、宗教結社東洋宣教会きよめ教会の3派は、その再臨信仰により国体否定・神宮冒涜の不穏結社とされ、1942年11月、一斉検挙により結社禁止・教会解散・牧師長期拘置などの厳しい弾圧を受け、7名の牧師が殉教した。

救世軍は1940年7月、イギリス軍スパイの容疑をかけられ外国人士官（宣教師）が逮捕され、また、「皇軍以外に『軍』を名乗る組織があるのはけしからん」という理由で敗戦まで「日本救世団」に名称変更を強制された。セブンスデー・アドベンチスト教会も再臨信仰が不敬に当たるとして活動禁止を余儀なくされた。

また神社参拝を偶像崇拝として拒否した美濃ミッションら少数のキリスト者は激しい迫害にあった。

戦後は合同教会としての日本基督教団とともに、各教派の教団も再建。救世軍など活動を禁止されていた教派も活動を再開した。連絡組織としてエキュメニカル派では日本キリスト教協議会、カトリックなども包含する日本キリスト教連合会が、福音派では日本福音同盟が結成されている。

政治運動ではなく、さまざまな手段を用いた布教を主たる活動とする教会の台頭も著しい。キリスト者自らがイエス・キリストについての『聖書』の言葉を聞き、イエス・キリストが自らの救い主であることを受け入れ、人生観、人生がいかに変化したかを語る証しによって、キリスト者になる者が一部の教会では増えている。近年、海外のキリスト教の助力により、パワーフォーリビング（2007年に配布開始）やラブソナタなどの大規模な布教が行われている<ref>Christian Today 日本全土に聖霊の風を巻き起こせ　「ラブソナタ2007」開幕間近</ref>。