日本にいつキリスト教が到来したかということに関しては、中国で景教と呼ばれたネストリウス派キリスト教が5世紀頃、秦河勝などによって日本に伝えられたとする説がある<ref>日本キリスト教歴史大事典編集委員会『日本キリスト教歴史大事典』教文館、1988年、ISBN 9784764240056、「景教」。複数の文献が掲載されており「広隆寺が拠点になっていた」との記述もある。</ref><ref>平凡社編『世界大百科事典』第7巻、平凡社、502頁</ref><ref>景教の日本への伝播によってイエス・キリストの誕生時の物語も日本にも伝わり、そのイメージを重ねる形で聖徳太子が馬小屋の前で生まれたとされ、その幼名が厩戸皇子となったとする説もあるが、これに関しては想像の域を出ない。</ref>。

史実として確認されている日本へのキリスト教の最初の宣教は、16世紀のカトリック教会の司祭、イエズス会のフランシスコ・ザビエルらによるものである。キリスト教は当時、九州から西日本、近畿地方を中心に多くの信徒を獲得した。この頃、キリスト教は「耶蘇教」（やそきょう、耶蘇はラテン語 Jesusの中国音訳「耶蘇」の音読み）、キリスト教徒は「切支丹」（キリシタン）、キリスト教宣教師は「伴天連」（バテレン）と呼ばれた。宣教師に対して好意的だった織田信長の政策を踏襲した豊臣秀吉もキリスト教を保護した。

しかし、九州においてキリシタン大名が仏教徒や神道徒を迫害、さらに宣教師によって日本人が海外に奴隷として売られている事を知った秀吉は、1587年にバテレン追放令を発布した。しかし、その後もキリスト教は事実上黙認されていた<ref>秀吉の命令で行われた唯一の迫害行為は1597年に長崎で行われたキリスト教徒二十六人の処刑のみであった。</ref>。徳川家康が権力の座についた当初もキリスト教に対しては寛容な態度がとられていたが、1614年に禁教令が出され、以後キリスト教徒の探索と迫害が行われた。激しい迫害によってキリスト教は根絶させられたかのように見えたが、長崎などで一部の信徒が地下にもぐり、潜伏キリシタンとして信仰を守り続けた。

禁教令からおよそ250年後の幕末1865年3月、出来たばかりの長崎・大浦天主堂にてフランス人ベルナール・プティジャン神父（後に司教）の前に隠れキリシタンが現れて信仰告白を行い（信徒の発見と大浦天主堂）、その後、続々と隠れキリシタンが神父の元に詰めかけた。そして彼らが祈りと洗礼の儀式と四旬節などの典礼暦を守ってきたことが明らかになり、「信徒発見」のニュースが欧米に伝えられた。

隠れキリシタンの多くはカトリック教会に合流したが、同時に寺請制度を拒否したために長崎奉行所が迫害に乗り出し（浦上四番崩れ）、1867年に成立した明治政府もこれを継続し、水責め・火責めなどの拷問、3400名に及ぶ流刑などが行われた<ref>浦上小教区変革史</ref>。また他の地方でも東北で正教会への日本人改宗者が投獄されるなど、キリスト教弾圧が全国的に行われた。欧米諸国からの強い抗議を受けて、明治政府がキリスト教禁制の高札を撤去したのは1873年のことである。

キリスト教への禁止撤廃後は、キリスト教とその教会は、純粋な宗教的動機にとどまらず、西洋文化に触れる目的でまずやってくる日本人をもひきつけるようになる。カトリック、プロテスタント、ロシア正教会とも禁教時代から宣教師を日本へ派遣しており、前述のようにそのなかには秘密裡に宣教をするものもあったが、いまや公に日本人信徒を獲得すべく、教会、伝道所を立てて宣教を行った。また海外からの宣教とは独立して、内村鑑三らによる無教会という信仰のあり方も主張された。

カトリックとプロテスタント諸教派は、宣教の補助手段またキリスト教の社会実践として、学校（ミッションスクール）や病院をたて、活動を行った。こうした学校を通じ、とくに都市部の知識層において、学校教育を通じてキリスト教とその文化に触れ、影響をうけるものが出た。またキリスト教実践の延長として社会福祉活動を行うものもいた。セツルメント運動や神戸・灘での生活協同組合（現コープこうべ）などを、キリスト教文化の影響下に生まれた運動としてあげることができる。

戦前を通じ、キリスト教に対して社会の環境は厳しいものであった。キリスト教諸派に対する政府の統制は1930年代からとりわけ厳しさを増し、各教派とも難しい状態におかれた。キリスト教徒にも靖国参拝が強制され、解散を命じられた教派も出た。プロテスタント諸教派は政府の誘導下に合同教会「日本基督教団」を設立した。日本基督教団は富田満統理を指導者として神社参拝、宮城遥拝を率先して行ったが、それを拒んだ聖職者や信徒のなかには、官憲の追及を受け、逮捕・投獄されるものもおり、取調べによる死者も出ている。