5回目の分裂は、16世紀に起こった西方教会での宗教改革によるプロテスタント諸教会の誕生である。宗教改革によるプロテスタンティズムの誕生は、やがて近代ヨーロッパのヒューマニズム興隆や政教分離へと繋がることになる。

これらの分裂の結果、現在、キリスト教世界には、東地中海沿岸や東欧諸国などに広まる正教会、ローマ教皇を中心とするカトリック教会、それに対抗して発生した多くの諸教会、諸教団（総称してプロテスタントと呼ぶ）のほか、イラクのアッシリア東方教会（ネストリウス派）およびその分枝であるインドのトマス派教会（マラバル派）、非カルケドン派であるエジプトのコプト正教会・その姉妹教会エチオピア正教会・シリアのシリア正教会（ヤコブ派）・コーカサス地方のアルメニア使徒教会などの東方諸教会が存在する。