2005年（平成17年）6月25日から豊橋駅でも共通乗車カード「トランパス」が使用可能になったが、当初からすべての自動改札機に対応していたわけではなく、名鉄出札口寄りの3台のみであった。JRがICカード「TOICA」の導入に合わせ、残りの改札機も改修したため、現在では全て対応している。

トランパスは入場と出場を記録することにより運賃を差し引く方式の為、豊橋駅で改札を出ずに名鉄とJRを乗り継ぐとどちらかが満たされなくなる。その為、3番線への階段の上下と新幹線連絡通路の計3箇所に自動精算機を設け、JR東海へ乗り換える際はこれで出場処理を行う（3番線ホーム上の名鉄出札所でも扱ってくれる）。逆の場合（JR東海から名鉄へ乗り換え）の際も、同様に改札内の名鉄出札所で入場処理が必要である。

以上のように少々複雑な制度の為、トランパスの利用開始から約1週間は臨時で係員を2名配置し、1名は3番線ホーム上で、もう一人を改札口付近で看板を持たせ、乗客を誘導していた。その後は有人精算所でテープ放送をするなどして対処していたが、現在は特にこれと言った措置はなく、看板により注意を促している。