横浜市に置かれる国の機関は以下の通り<ref>「神奈川県内の行政機関ガイド」 総務省神奈川行政評価事務所。</ref>。横浜市に置かれる各省庁の地方支分部局のうち、関東地方(もしくはそれよりも広い地域)を統括するものは、国土交通省の関東地方整備局（港湾空港部）・関東運輸局、海上保安庁第三管区海上保安本部など、数少ない。それらの多くは中区山下町の横浜地方合同庁舎、もしくは中区北仲通の横浜第2合同庁舎（旧生糸検査所）に所在する。他の省庁の地方支分部局で関東地方を統括するものは、埼玉県さいたま市のさいたま新都心にそのほとんどが置かれている。

国の行政機関

• '''神奈川県情報通信部
• '''神奈川行政評価事務所
• '''
• '''(7か所)
• '''(5か所)
• '''、関東農政局神奈川農政事務所
• '''横浜通商事務所
• '''（本部、横浜海上保安部、第三管区情報通信管理センター、横浜機動防除基地）
• '''横浜派遣隊、第316基地通信隊横浜派遣隊、第113地区警務隊横浜連絡班）

司法機関

• 横浜地方裁判所
• 横浜家庭裁判所
• 横浜簡易裁判所
• 神奈川簡易裁判所
• 保土ヶ谷簡易裁判所(通称・交通裁判所)

独立行政法人(太字は本部が所在)

特殊法人

• 日本郵政株式会社横浜逓信病院
• 郵便事業株式会社南関東支社
• 郵便局株式会社南関東支社
• 東日本電信電話株式会社（NTT東日本）神奈川支店
• 日本放送協会（NHK）横浜放送局、営業センター(横浜西口)
• 日本銀行横浜支店
• 日本政策金融公庫横浜支店、横浜西口支店
• 日本たばこ産業株式会社横浜支店、たばこ中央研究所、医薬探索研究所
• 放送大学学園放送大学神奈川学習センター
• 日本中央競馬会（JRA）ウインズ横浜、ウインズ新横浜
• 商工組合中央金庫横浜支店、横浜西口支店
• 東日本高速道路株式会社（NEXCO東日本）関東支社事務所京浜管理事務所、横浜工事事務所
• 首都高速道路株式会社神奈川建設局、神奈川管理局
• 日本貨物鉄道株式会社（JR貨物）神奈川営業支店