その後ニューヨークの法律事務所で勤務している間に政界入りの誘いを受け、同年12月、グルジア議会選挙でシェワルナゼ大統領の与党グルジア市民連合から出馬し当選。当選後は新選挙制度、独立した司法制度と警察を設立するための議会委員会の委員長となって、たちまちその名を知られるようになり、1997年の調査ではシェワルナゼ大統領についで2番目に人気のある人物にあげられた。

2000年10月12日、シェワルナゼ政権の法務相に就任。腐敗し、政治の影響力が強い刑事裁判と刑務所制度の改革を断行し、国際的に高い評価を受けたが、彼が腐敗していると告発するシェワルナゼ体制内の要人と対立することとなった。サアカシュヴィリは2001年9月5日に法務相を辞任すると、シェワルナゼ大統領が腐敗をただす意図を持っていないことを非難して反大統領の意思を明らかにした。

サアカシュヴィリは政府の腐敗に反対する人々を糾合するため、翌月新政党「国民運動」を結成し、その党首となった。彼ら野党勢力は、2003年11月2日に行われた議会の総選挙でシェワルナゼ政権が大規模な不正を行ったと宣言し、選挙のやり直しと大統領の辞任を求める大規模な集会を首都のトビリシで行った。11月20日に始まり、10万人以上と呼ばれる人々を集めサアカシュヴィリが先頭に立った野党勢力は議会を占拠し、11月23日にシェワルナゼ大統領と交渉。シェワルナゼの提示した大統領選挙前倒しと議会選やり直しの提案を拒否し、大統領を辞任させた。