内閣府特命担当大臣についてはその担当を（）内に記載、内閣府以外の他省庁（内閣官房含む）で行われる特命事項を担当する大臣の職務は【】内に記載。

• 内閣総理大臣 - 小泉純一郎
  • 内閣総理大臣補佐官 - 牧野徹［都市再生担当］
  • 内閣総理大臣補佐官 - 岡本行夫［イラク担当］( - 2004年3月31日)
  • 内閣総理大臣補佐官 - 佐藤剛男［行政改革担当］(2003年11月20日 - )
  • 内閣総理大臣補佐官 - 渡辺好明［郵政民営化担当］(2004年4月26日 - )
• 総務大臣 - 麻生太郎（河野グループ）
• 法務大臣 - 野沢太三
• 外務大臣 - 川口順子（民間）
• 財務大臣 - 谷垣禎一（小里派）
• 文部科学大臣、国立国会図書館連絡調整委員会委員 - 河村建夫
• 厚生労働大臣 - 坂口力（公明党）
• 農林水産大臣 - 亀井善之
• 経済産業大臣、【国際博覧会担当】 - 中川昭一（江藤・亀井派）
• 国土交通大臣、【首都機能移転、観光立国担当】 - 石原伸晃（無派閥）
• 環境大臣、【地球環境問題担当】 - 小池百合子
• 内閣官房長官、内閣府特命担当大臣（男女共同参画担当） - 細田博之(2004年5月7日 - )／福田康夫( - 2004年5月7日)
  • 内閣官房副長官［政務］ - 杉浦正健(2004年5月7日 - )／細田博之( - 2004年5月7日)
  • 内閣官房副長官［政務］ - 山崎正昭
  • 内閣官房副長官［事務］ - 二橋正弘
  • 内閣危機管理監 - 野田健(2004年1月23日 - )／杉田和博( - 2004年1月23日)
  • 内閣法制局長官 - 阪田雅裕(2004年8月31日 - )／秋山收( - 2004年8月31日)
• 国家公安委員会委員長、内閣府特命担当大臣（青少年育成及び少子化対策、食品安全担当） - 小野清子
• 防衛庁長官 - 石破茂（橋本派）
• 内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策、個人情報保護、科学技術政策担当）、【情報通信技術（IT）担当】 - 茂木敏充
• 内閣府特命担当大臣（金融、経済財政政策担当） - 竹中平蔵（民間）
• 内閣府特命担当大臣（規制改革、産業再生機構担当）、【行政改革、構造改革特区、地域再生担当】 - 金子一義（堀内派）
• 内閣府特命担当大臣（防災担当）、【事態対処法制担当】 - 井上喜一